La gouvernance de Transitions Pro est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales employés et employeurs.
La Présidence de Transitions Pro Pays de la Loire est actuellement pilotée par Françoise MICHARD, représentante de la CFDT, et la vice-présidence par Céline ANAS, représentante du MEDEF.
Le réseau des 17 Transitions Pro est coordonné par Certif’Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.